Theo đó, Quy trình nội bộ thực hiện thủ tục hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước, bao gồm 09 Quy trình: (1) Quy trình cấp giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước; (2) Quy trình gia hạn, điều chỉnh giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước; (3) Quy trình cấp lại giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước; (4) Quy trình cấp giấy phép xả nước thải vào nguồn nước; (5) Quy trình gia hạn, điều chỉnh giấy phép xả nước thải vào nguồn nước; (6) Quy trình cấp lại giấy phép xả nước thải vào nguồn nước; (7) Quy trình cấp giấy phép hành nghề khoan nước dưới đất quy mô lớn; (8) Quy trình gia hạn giấy phép hành nghề khoan nước dưới đất quy mô lớn; (9) Quy trình điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Quy trình nội bộ thực hiện thủ tục hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước của Bộ TN&MT đã giảm từ 45 ngày theo quy định xuống còn 40 ngày đối với quy trình cấp mới giấy phép khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước